Na década de 1990, o projeto educativo foi redesenhado para refletir novas realidades e desafios, reafirmando a sua relevância, a sua identidade e os seus valores. O modelo de gestão pedagógica foi reestruturado, com o reforço do acompanhamento tutorial dos alunos pelos coordenadores de ano. Foram introduzidas novas valências na oferta curricular e, em simultâneo, iniciou-se a integração das tecnologias digitais nas salas de aula. Evidenciaram-se projetos interdisciplinares para aquisição de competências práticas e pensamento crítico. Nos currículos do Jardim de Infância e do 1-º Ciclo foi introduzida a disciplina de Filosofia para Crianças. No Ensino Secundário, iniciaram-se intercâmbios europeus e as participações no Parlamento Europeu dos Jovens e no European Parliament Model, e de professores em projetos Comenius. O Colégio participou pela primeira vez no Programa Internacional de Avaliação de Alunos (PISA) e no estudo de Avaliação do Ensino da Matemática em Portugal, promovido pela Fundação Calouste Gulbenkian. As componentes extracurriculares ganharam destaque com a criação de clubes temáticos e investiu-se na modernização do ensino experimental das ciências.
