A partir do ano letivo de 1939/40, e em consequência da medida de proibição da coeducação, implementada pelo Decreto-Lei nº 29.755, de 17 de agosto de 1939, a Escola Valsassina passou a dedicar-se exclusivamente ao ensino masculino. Apesar dessa mudança, manteve os regimes de internato, semi-internato e externato em todos os ciclos de ensino, garantindo a continuidade da sua oferta educativa diversificada.
Ao longo da década de 1940, a Escola viveu um período de significativa consolidação do seu projeto educativo, reforçando a sua identidade e fortalecendo o seu prestígio em Lisboa. Este reconhecimento refletia-se na confiança das famílias e no impacto positivo da instituição na formação académica e pessoal dos seus alunos.
Outro marco importante desta década foi a criação da Colónia de Férias, concebida para proporcionar aos alunos momentos de lazer, convivência e contacto com a natureza, fora do ambiente escolar. Inicialmente, esta colónia funcionou na Quinta do Boialvo, em Sintra, sendo posteriormente transferida para as Azenhas do Mar, onde permaneceu até 1975, promovendo experiências únicas num contexto descontraído e enriquecedor.
O final da década coincide com a morte do fundador Frederico Valsassina. A Direção da Escola é assumida por Susana Valsassina e pela sua filha Maria Frederica Valsassina Heitor (2ª geração) e pelo seu marido, Mário Heitor.
